Vid utvecklingen av Nationella läkemedelslistan har E-hälsomyndigheten samarbetat med ett flertal myndigheter och organisationer, bland andra Sveriges Kommuner och Regioner (SKR), Inera, Läkemedelsverket, Socialstyrelsen och Sveriges Apoteksförening. Myndigheten har också referensgrupper med representanter från patient- och brukarorganisationer, vård- och apotekspersonal och systemleverantörer.